Theo kết luận điều tra vụ Việt Á, ông Nguyễn Trường Sơn (nguyên Thứ trưởng Bộ Y tế) biết kit xét nghiệm là sản phẩm thuộc đề tài nghiên cứu do Bộ KH&CN giao Học viện Quân y chủ trì, là tài sản thuộc sở hữu Nhà nước; các hồ sơ, tài liệu do Công ty Việt Á cung cấp không đầy đủ theo quy định về quản lý trang thiết bị y tế.Tuy nhiên, do tham mưu của ông Nguyễn Minh Tuấn, Vụ trưởng Vụ Trang Thiết bị và Công trình y tế, Phó Chủ tịch Hội đồng tư vấn cấp số đăng ký sinh phẩm chẩn đoán Bộ Y tế, ông Nguyễn Trường Sơn vẫn ký quyết định cấp số đăng ký lưu hành tạm thời cho Công ty Việt Á.Sau đó, tuy kit test vẫn thuộc quyền sở hữu của Bộ KH&CN, Bộ này chưa có quyết định giao quyền sở hữu cho Công ty Việt Á, nhưng ông Nguyễn Trường Sơn vẫn ký quyết định cấp số đăng ký lưu hành chính thức cho Việt Á.Khai với cơ quan điều tra, ông Sơn thừa nhận Công ty Việt Á chưa đủ điều kiện để được cấp số đăng ký lưu hành. Tuy vậy, ông ký cho lưu hành tạm thời nhằm kịp có kit xét nghiệm phục vụ phòng chống COVID-19.

Nguyên Thứ trưởng nêu thêm lý do: "Nhận thức pháp luật hạn chế, không được theo dõi về quy trình thẩm định nên chưa tiếp cận hồ sơ của Công ty Việt Á". Do vậy, ông Sơn khô💫ng nhận thức được doanh nghiệp này không đủ điều kiện đăng ký lưu hành kit xét nghiệm.

Về việc ký quyết định cấp số lưu hành chính thức cho Việt Á, ông Sơn khai Hội đồng tư vấn và Vụ Trang thiết bị và Công trình có báo cáo thể hiện doanh nghiệp đủ điều kiện cấp số. Ông Sơn khi đó biết Việt Á còn thiếu một số điều kiện nhưng do "tình hình dịch bệnh diễn biến phức tạp, khẩn cấp" lại thêm Chính phủ chỉ đạo khẩn trương có sinh phẩm phòng, chống dịch nên vẫn ký quyết định cấp số lưu hành chính thức.Nguyên Thứ trưởng Bộ Y tế khẳng định không được hưởng lợi từ Phan Quốc Việt hoặc Công ty Việt Á, không có động cơ cá nhân khi ký các quyết định liên quan doanh nghiệp này.Cơ quan điều tra đánh giá, hành vi của ông Nguyễn Trường Sơn có dấu hiệu của tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” quy định tại Điều 356 Bộ luật hình sự. Tuy nhiên, ông Nguyễn Trường Sơn ký quyết định cấp số đăng ký lưu hành không phải là nhiệm vụ thường xuyên (thuộc chức năng, nhiệm vụ của Thứ trưởng Trương Quốc Cường nhưng ông Cường đề xuất phân công người khác nên Bộ Y tế phân công ông Sơn ký).Ông Sơn không thông đồng, thỏa thuận để làm lợi cho Công ty Việt Á, không được hưởng lợi, không có động cơ vụ lợi hoặc động cơ cá nhân khác.Ông Nguyễn Trường Sơn đã bị kỷ luật cảnh cáo về Đảng theo quyết định của Ủy ban Kiểm tra Trung ương, kỷ luật cảnh cáo về chính quyền theo quyết định của Thủ tướng.Vì vậy, căn cứ điểm c, khoản 2, Điều 29 Bộ luật Hình sự và điểm b, khoản 3, Điều 5 Nghị quyết 03/2020 của Hội đồng thẩm phán, cơ quan điều tra miễn trách nhiệm hình sự cho ông Nguyễn Trường Sơn.